在经过第一季神盾局被九头蛇掀翻个底朝天之后，弗瑞隐退，重担完全落在新任神盾局长科尔森身上，一边需要清理九头蛇余党，一边还要整顿支离破碎的神盾局，还要对付军方，自己的秘密也要揭开。如此多的剧情线进行得有条不紊，虽然曾经的干净利落却又饱含神秘的特工片已经很难再出现，重心已经转移到角色与观众共同的未知秘密上。本季继续与MCU电影《复仇者联盟：奥创纪元》联动，还通过半季的伏笔正式引入异人族，并通过希芙女士引入克里人的概念，斯凯和科尔森的秘密完全揭开，神盾局再次整合，沃德故事线也最终捋清。